剧集以靳东饰演的庄恕回国“复仇”，为当年卷入医疗事故的护士母亲张淑梅洗脱冤屈作为故事开篇，虽然大结局没有让庄恕亲自“手刃”仇人，但却安排了白百何饰演的陆晨曦在医院大会上，将当年真相告知天下。本该为当年医疗事故担责的医生修敏齐，最终也在协助对抗感染大战中染病身亡，临终终于认错。几经波折考验的庄恕和陆晨曦，也即将走入婚姻殿堂。
最后有惊喜
胡歌亮相叫“大哥”
在《外科风云》结局的最后三分钟中，胡歌“意外”登场。有网友打趣，“没想到彩蛋是胡歌啊。”其实，该剧临近收官时，已经有网友爆料，胡歌将现身结局，因此把胡歌送上了微博热搜。在前晚的大结局中，大家终于看到胡歌的客串，只是没想到，这段客串还埋了很多梗。结局中，胡歌以本名客串出演一名学生，前往嘉林医大寻找陆晨曦，打算选她为导师报考研究生，但因为不识路迟到，还被陆晨曦和庄恕狠狠吐槽了一段。最经典的场面莫过于，胡歌冲着庄恕喊了一声“老师”，庄恕指点他要叫“大哥”，此时的背景乐还是来自于《伪装者》。有趣的是，在去年的热播剧《伪装者》中，胡歌和靳东在剧中就是扮演了一对兄弟。结局中，胡歌自我介绍是“王风教授的学生”，而在《伪装者》里，他扮演的明台师从王天风，王天风和《外科风云》里院长扬帆的扮演者也是同一人——刘奕君。
事实上，细心的观众应该可以留意到，不止大结局，《外科风云》里其实悄悄安插了不少“回忆杀”。早在第8集中，就有网友发现，扬帆在家看电视，电视机里正在播放的就是《琅琊榜》；第22集中，陆晨曦父母驾到，陆晨曦和陈绍聪在家看的电视剧，则是有“赵医生”王凯出镜的《欢乐颂》（注：王凯在《伪装者》里扮演明公馆的管家明诚，《欢乐颂》和《伪装者》同为一家公司出品）。还有耳尖的观众表示，“医院房主任的配音，应该是（《伪装者》里的）‘大姐’刘敏涛吧？”
