原先设定中的一部暑期档爆米花恐怖片，如何变成一部标准的阿汤哥式个人英雄主义电影？这得从剧本说起。克鲁斯自己任命了两位编剧和克里斯托夫·麦考利一起创作了新剧本。《新木乃伊》三位署名的编剧中，麦考利和Dylan Kussman都是克鲁斯的好友，后者在这部片和《侠探杰克》还都有客串表演。新剧本让主角尼克·莫顿变成克鲁斯的一个逼真化身，莫顿在某处还被称为“年轻人”。
新剧本中，莫顿戏份也有所增加。原始剧本中，莫顿和“刀锋女” 索菲亚·宝特拉饰演的木乃伊戏份差不多。编剧们还增加了一场戏，让克鲁斯饰演的角色被控制住，只为增加更多的戏剧性。环球高层对新的故事情节不太感冒，但他们还是同意了克鲁斯的设想。
影片艺术指导总监Frank Walsh曾表示：“这部影片其实分成两部分，汤姆来之前和汤姆来之后。我听说过一些故事，他推动所有的事情，一直不停地在推动，不过和他共事是有趣的经历。他会在片场走来走去，告诉导演应该怎么做，告诉摄影：‘这不是正确的镜头’，也会对布景给出意见。只要你给他说的东西有价值。。。他就还是一个好相处的人。”
电影杀青后，克鲁斯找来了认识多年的剪辑师Andrew Mondshein负责影片剪辑。克鲁斯本人也留在了剪辑工作室监督，然而所有人都认为这个版本不好。有关克鲁斯的创意方面，大家有着不同的意见，有人认为这提升了影片质量，有人则认为这把一部恐怖片变成了他自己的宣传片。有些人认为阿汤哥也是没有办法，考虑到库兹曼没有执导大片的经验，他不得不自己来设计这部电影。
环球也知道，如果《新木乃伊》要和《神奇女侠》或《银河护卫队2》竞争，就得把克鲁斯的票房号召力利用到极致。为了续一秒，环球让克鲁斯和德普、哈维尔·巴登、宝特拉、拉塞尔·克劳这些黑暗电影宇宙的演员拍了张合照。而这张合照甚至不是所有这些演员一起拍的，而是PS合成。
