《御赐小仵作》萧恒没有死，萧恒其实是安郡王萧瑾瑜的父亲，也是女主的师父。萧瑾瑜是一个很天才的人，凭借着父亲留下的手稿就能够成为一代英才，可是他却一直对父亲当年死亡的真相很是好奇。就在这个时候，楚楚来到长安，一心想要实现自己梦想，寻找到自己的身世。
楚楚一个人来到长安和其他人进行笔试，本来应该吃亏的，可是安郡王萧瑾瑜轩一眼看上了她，也知道她是一个天才的少女，所以将她收为了麾下。楚楚也开始在长安扎根，就在这个时候，她的身世无意中暴露，其他的人开始追杀楚楚，而楚楚却并不知道自己到底招惹了什么样的人物。
这一切很有可能和当年的一场宫变事故有关，而萧瑾瑜的父亲很有可能也是在当年那一场政变中诈死离开的人。就在这个时候，皇帝虽然爱民如子，但是却犯了一个极大的错误，那就是让宦官当道，这些太监不光把持了朝政，而且对皇上也有了一定的掌握能力。
楚楚和萧瑾瑜两个人如果想在这种情况下活下去，就必须要找到那个幕后的反派，并且打倒他。幸好萧瑾瑜和楚楚两个人都是很聪明的，而且也有一定的自我防范意识，最后楚楚和萧瑾瑜两个人不光通过了种种的考验，被皇帝赐婚，而且楚楚还实现了自己的梦想，成为了一名御赐仵作。
就在这个时候，皇帝因为常年的吃丹药，所以身体已经不太行了，楚楚和萧瑾瑜两个人也决定离开这里归隐田园，不是因为长安的生活不好，只是因为不适合他们二人而已。而且当年的政变一旦被重新揭露出来，就会有更多的人重蹈覆辙，皇帝和宦官也不会放过他们。
