1999年的某一天,在街上闲逛的她被服装公司的制作人发现后,裴斗娜从平 面模特儿,到拍摄电视广告、演出戏剧及主持广播节目。而且早在裴斗娜出道初期,还是服装目录的专属模特儿时,即被导演王家卫看中,力邀裴斗娜到香港演艺圈发展,可惜她以时机不成熟为由而婉拒了。同年,裴斗娜被KBS电视台看中,出演了第一部电视剧《学校》,获得了新秀奖。
2000年,出演奉俊昊执导的喜剧《绑架门口狗》,获得了韩国"青龙奖"最佳新人女演员奖。
2001年,出演了由郑在恩执导的新新人类生活的电影《猫咪少女》,饰演一个和周围人格格不入的可爱梦想家,获得了韩国最佳女性电影人大奖最佳演技奖、第21届韩国影评人协会奖最佳女演员奖和第38届百想艺术大奖最佳女演员奖等。同年,主演伦理片《青春》,大胆露点和金来沅演激情床戏,该片讲述了一个关于青春的体验和性的迷茫之间的故事。